- a -

• additionalScalarField() : cells.c
• allocateGrid() : grid.c
• applyFieldsPatches() : interp.c
• applyPatches() : interp.c

- c -

• cellsAllocate() : cells.c
• cellsCleanup() : cells.c
• cellsCycleInit() : cells.c
• cellsDeath() : cells.c
• cellsExchangeInit() : comm.c
• cellsExchangeWait() : comm.c
• cellsRandomInit() : cells.c
• checkEndiannes() : utils.c
• checkParameters() : init.c
• chemEnvCellPC() : chemf.c
• chemEnvInitBC() : chemf.c
• chemEnvInitSolver() : chemf.c
• chemEnvInitSystem() : chemf.c
• chemEnvSolve() : chemf.c
• chemSetBoundary() : chemf.c
• comm_compare_exp_list() : comm.c
• commCleanup() : comm.c
• computeCCgradient() : gradient.c
• computeCCPotential() : potential.c
• computeGridSize() : grid.c
• computePotential() : potential.c
• computePotentialField() : potential.c
• computePotentialGradient() : gradient.c
• computeRemoteCellsPotential() : potential.c
• computeRemoteCellsPotentialGradient() : gradient.c
• createExportList() : comm.c

- d -

• decompositionExecute() : domdec.c
• decompositionFinalize() : domdec.c
• decompositionInit() : domdec.c
• defaultValues() : init.c
• defineColormaps() : io.c
• densPotExchangeInit() : comm.c
• densPotExchangeWait() : comm.c
• doInterpolation() : interp.c

- f -

• fieldsInit() : fields.c
• fieldsSolve() : fields.c
• findPatches() : interp.c

- g -

• getLocalRankAndSize() : utils.c
• getMemoryPerProcess() : utils.c
• gradientTraverseSubtree() : gradient.c

- i -

• initCellsToGridExchange() : interp.c
• initFieldsPatchesExchange() : interp.c
• initParams() : io.c
• initPatchExchange() : interp.c
• initVessel() : vessel.c
• interpolateCellsToGrid() : interp.c
• interpolateFieldsToCells() : interp.c
• ioDefineOutputFields() : io.c
• ioDefineOutputGlobalFields() : io.c
• ioDefineRstGlobalParams() : io.c
• ioWriteFields() : io.c
• ioWriteStepPovRay() : io.c
• ioWriteStepVTK() : io.c

- m -

• main() : main.c
• markMiddleCancerCell() : cells.c
• mitosis() : cells.c

- p -

• potentialTraverseSubtree() : potential.c
• printBasicInfo() : io.c
• printExecInfo() : io.c
• printHelp() : io.c
• printStepNum() : io.c

- r -

• randomStreamFree() : random.c
• randomStreamInit() : random.c
• readParams() : io.c
• readRstFile() : io.c
• revertStdOut() : io.c

- s -

• saveRstFile() : io.c
• simulationInit() : init.c
• statisticsDensity() : stats.c
• statisticsDistance() : stats.c
• statisticsPhases() : stats.c
• statisticsPrint() : stats.c
• statisticsSize() : stats.c
• statisticsVelocity() : stats.c
• stopRun() : utils.c
• swap_Nbyte() : utils.c
• switchStdOut() : io.c

- t -

• tempEnvInitBC() : tempf.c
• tempEnvInitSolver() : tempf.c
• tempEnvInitSystem() : tempf.c
• tempEnvSolve() : tempf.c
• tempSetBoundary() : tempf.c
• treeBuild() : tree.c
• treeBuildInitial() : tree.c
• treeFree() : tree.c

- u -

• updateCellCounters() : cells.c
• updateCellCycles() : cells.c
• updateCellPositions() : cells.c
• updateCellStates() : cells.c

- w -

• waitCellsToGridExchange() : interp.c
• waitFieldsPatchesExchange() : interp.c
• waitPatchExchange() : interp.c

- z -

• ztnMid() : domdec.c
• ztnPack() : domdec.c
• ztnPost() : domdec.c
• ztnPre() : domdec.c
• ztnReturnCoords() : domdec.c
• ztnReturnDimension() : domdec.c
• ztnReturnNumNode() : domdec.c
• ztnReturnOwnedNodes() : domdec.c
• ztnReturnParticleDataSize() : domdec.c
• ztnUnpack() : domdec.c